Die Anwendungsgebiete beziehen sich klassisch auf jede Art von Beschwerden des passiven und aktiven Bewegungsapparats. Merkmale wie Humpeln, Verweigerung von Springen, Schonhaltung, Stolpern, Überköten, Lahmheit, Speicheln, Jaulen, Häufiges Lecken an Gelenken z.B. auch an den Bandscheiben, Konditionsabbau und mehr können als Indikationen für eine Hundephysiotherapie sprechen. Weiterhin dient die Hundephysiotherapie für Erschöpfungszustände, nach langer Ruhepause von Krankheiten oder Unfällen und außerdem auch zur Mobilisation von alten und inaktiven Hunden. Für lange Autofahrten oder unübliche Belastung wie Bergwanderungen kann die Hundephysiotherapie ebenfalls sinnvoll eingesetzt werden. Auch ist diese als Wellnessbehandlung gut geeignet.

Der Vorteil der Behandlung bei diesen Anwendungsgebieten ist die Schmerzlinderung ohne jeglichen Einsatz von Medikamenten. Das Einrichten von den Wirbeln die sich z.B. von häufig zu starken Bewegungseinschränkungen durch Gelenks- oder Wirbelsäulendegenerationen verschoben haben, kann z.B. die Dorn- Methode dazu verhelfen dem Patienten sofort von seinen Schmerzen zu befreien oder diese zu lindern. Bei folgenden Krankheiten wie Hüftdysplasie, Spondylose oder Bandscheibenvorfall kann die Hundephysiotherapie keine Heilung, dafür aber eine deutliche Erleichterung für den Patienten erreichen. Dies gilt auch für Arthrosen, wobei weitere Arthrosen in gesunden Gelenken vorgebeugt werden können. Bei einer Cauda Equina wäre eine Heilung möglich, wenn diese durch eine Wirbelverschiebung entstanden ist.

Die vorhergegangene Befunderhebung des Patienten dient zielgerichtet der Diagnosefindung und der Prognoseerstellung. Anhand der Untersuchung kann ein Therapieplan und dessen Intensität festgelegt werden. Im Verlauf einer Therapie müssen die Fortschritte dem angepasst werden, aus denen sich die Kontraindikationen ableiten. Viele Krankheitsbilder oder auch Begleitumstände können die Behandlung erschweren bis hin unmöglich gestalten.
Zu den Kontraindikationen spezifisch der Hundephysiotherapie zählen in erster Linie größere Verletzungen, frische Wirbel- und Knochenfrakturen. Diese dürfen erst nach Abschluss der Verknöcherung ca. 8-12 Wochen nach der Operation behandelt werden. Bei einer Trächtigkeit besteht gewisse Vorsicht, da die Möglichkeit besteht eine frühzeitige Geburt auszulösen. Dazu kommen außerdem Tumore bei denen die Gefahr auf Anregung des Wachstums und Metastasierung besteht. Bei Infektionserkrankungen sowie bei fieberhaften Erkrankungen sind weitere Temperaturerhöhungen und Zerstreuung der Erreger möglich. Bei einer Einnahme von Blutverdünnungsmedikamenten, bei Herzbeschwerden oder Blutgerinnungsstörung bleibt die Möglichkeit offen, dass Hämatome entstehen. Auch sind Herzkrankheiten sowie Belastungsverbot kontraindiziert. Mit höchster Vorsicht sind ein akuter Bandscheibenvorfall und eine Spondylose zu behandeln. Hierbei gilt, für den Bandscheibenvorfall, eine falsch oder zu stark behandelte Wirbelsäule kann zu einer Verschlimmerung der Schmerzen und des Vorfalls führen. Neben der festgelegten Therapie kann diese in Kombination mit dehnenden Griffen eingesetzt werden, um gezielt Lähmungen im Sinne einer Kräftigung zu behandeln.
Der Therapeut kann bei einer Spondylose erst nach Abschluss der Verknöcherung vorsichtig zum Einsatz kommen. Hier leidet der Hund in dem Verknöcherungsstadium unter zu starken Schmerzschüben. Vor allem müssen bei der Beinlängenkorrektur Gelenkprobleme wie, Arthrosen, Hüftdysplasie und Arthritis beachtet werden. Diese werden nicht oder sehr sanft behandelt.